Trên máy phay, quy trình, thông số quy trình và độ dịch chuyển tương đối giữa dụng cụ và phôi của chi tiết gia công được ghi vào chương trình gia công bằng ngôn ngữ điều khiển số. Sau đó, chương trình được nhập vào thiết bị điều khiển số, điều khiển các hoạt động khác nhau của máy công cụ và độ dịch chuyển tương đối giữa dụng cụ và phôi dựa trên các hướng dẫn điều khiển số. Khi chương trình gia công chi tiết kết thúc, máy công cụ sẽ tự động dừng lại và sản xuất các chi tiết đủ tiêu chuẩn, có thể chia thành quy trình sản xuất và quy trình. Quy trình sản xuất là toàn bộ quá trình biến đổi nguyên liệu thô thành sản phẩm hoàn thiện. Quy trình sản xuất bao gồm việc thay đổi hình dạng, kích thước, vị trí tương đối và các đặc tính của đối tượng sản xuất. Quy trình biến nó thành sản phẩm hoàn thiện hoặc bán thành phẩm.
Khi gia công các bộ phận bằng máy phay CNC, ngoài việc nạp và tháo phôi thủ công, toàn bộ quá trình gia công được hoàn thành tự động bởi máy công cụ. Trong các hệ thống sản xuất linh hoạt, việc nạp và tháo, kiểm tra, chẩn đoán, căn chỉnh dụng cụ, truyền động, lập lịch, quản lý, v.v. cũng được hoàn thành tự động bởi máy công cụ.
Thông tin điều khiển cho gia công tự động trên máy công cụ CNC là chương trình gia công. Khi đối tượng gia công thay đổi, ngoài việc thay thế công cụ tương ứng và giải quyết phương pháp kẹp phôi, chỉ cần viết lại và nhập chương trình gia công cho bộ phận có thể tự động gia công bộ phận mới mà không cần thực hiện bất kỳ điều chỉnh phức tạp nào cho máy công cụ. Điều này rút ngắn chu kỳ chuẩn bị sản xuất và cung cấp một lối tắt cho nghiên cứu và phát triển sản phẩm mới cũng như cải tiến và sửa đổi sản phẩm.
Mức độ tự động hóa của máy phay CNC cao, có thể hoàn thành khối lượng lớn gia công bề mặt chỉ trong một lần kẹp, loại bỏ nhu cầu đánh dấu, kẹp nhiều lần và công việc kiểm tra; Mặt khác, máy công cụ CNC có tốc độ chuyển động cao và thời gian di chuyển không tải ngắn.